Tercatat Merpati pernah menjalin kerja sama dengan Thai Airways International, Japan Airlines, Olympic Airways, Trans Australia Airlines, Lufthansa, dan China Airlines.
Kerja sama dengan maskapai luar negeri ini membuat Merpati Airlines berhasil membuka rute penerbangan ke luar negeri, seperti Malaysia dan Singapura.
Merpati Pailit
Pada 2007, maskapai ini mulai serius untuk menjalankan revitalisasi dan modernisasi pada beberapa armda, khususnya arma penerbangan perintis.
Namun setahun setelahnya Merpati mulai terguncang. Saat itu, perusahaan merugi dan utangnya mencapai Rp2,8 triliun. Sementara aset yang dimiliki hanya Rp999 miliar. Ekuitasnya pun minus Rp1,84 triliun. Kala itu, kerugian Merpati tembus Rp641 miliar.
Keruntuhan Merpati Nusantara Airlines semakin di depan mata saat kasus korupsi terjadi di tubuh maskapai ini. Kasus penyewaan pesawat Boeing seri 737-400 dan 737-500 dari Thirdstone Aircraft Leasing terhadap Merpati Airlinespada 2007 menyebabkan kerugikan negara hingga US$ 1 juta.
General Manager Pengadaan Pesawat Merpati Tony Sudjiarto terjerat karena pesawat yang disewa ini tidak pernah diterima oleh Merpati.
Setelah kasus korupsi, Merpati Airlines mulai mengalami kewalahan. Misalnya, pada Februari 2014, Merpati Nusantara Airlines mulai menangguhkan seluruh penerbangan karena alasan finansial. Pada akhirnya, 2 Juni 2022, PN Surabaya memutus pailit Merpati Airlines. [rif]