18 Oktober 2002
Ba’asyir ditetapkan sebagai tersangka oleh kepolisian RI. Ia diduga terlibat dalam sejumlah kasus pengeboman, sekaligus rencana pembunuhan terhadap Presiden Megawati Soekarnoputri.
2 September 2003
Abu Bakar Ba’asyir divonis 4 tahun penjara oleh Pengadilan Negeri Jakarta Pusat. Ia terbukti melanggar Pasal 48 Undang-Undang Nomor 9 Tahun 1992 tentang Keimigrasian. Lewat aktivitasnya di Jamaah Islamiyah, Ia juga divonis turut serta melakukan makar sesuai dengan Pasal 107 ayat 1 juncto Pasal 55 Kitab Undang-Undang Hukum Pidana. Namun, vonis yang jatuh kepadanya jauh lebih rendah dari keinginan jaksa yang menuntutnya 15 tahun.
10 November 2003
Pengadilan tinggi menurunkan hukuman menjadi 3 tahun penjara. Keterlibatan Ba’asyir dalam aksi makar tidak terbukti. Ia hanya melanggar keimigrasian.
3 Maret 2004
Mahkamah Agung menurunkan lagi hukuman Ba’asyir menjadi 1,5 tahun penjara.
30 April 2004
Usai lepas dari Rutan Salemba, Ba’asyir langsung ditahan lagi dalam kasus baru, yaitu peledakan hotel JW Marriot dan bom Bali. Maret 2005 Ba’asyir divonis 2 tahun 6 bulan penjara.
14 Juni 2006
Abu Bakar Ba’asyir bebas.
9 Agustus 2010
Ba’asyir ditangkap tim Densus 88 Antiteror atas dugaan keterlibatannya dalam pelatihan paramiliter kelompok teroris di Aceh. Ia dicokok usai berceramah di Banjar Patroman, Jawa Barat. Dalam ceramahnya itu, ia menyentil soal demokrasi yang ia anggap sebagai hukum kurang ajar.
16 Juni 2011
Ba’asyir divonis hukuman 15 tahun penjara oleh putusan Pengadilan Negeri Jakarta Selatan.
27 Februari 2012
Abu Bakar Ba’asyir sempat mengajukan kasasi ke Mahkamah Agung. Namun, Mahkamah Agung menolak permohonan kasasi Ba’asyir. Ia tetap harus menjalani hukuman sesuai dengan putusan Pengadilan Negeri Jakarta Selatan, yakni selama 15 tahun penjara.
21 Oktober 2018
Abu Bakar Ba’asyir dilaporkan menderita sakit di Lapas Gunung Sindur, Bogor. Kedua kakinya mengalami pembengkakan. Disebutkan Ba’asyir mengalami gangguan aliran darah di kakinya sejak Agustus 2017.
18 Januari 2019
Yusril Ihza Mahendra, dalam kapasitasnya sebagai penasihat hukum pribadi Joko Widodo, mengumumkan kepada publik bahwa Presiden Jokowi berencana untuk membebaskan Abu Bakar Ba’asyir dengan pertimbangan alasan kemanusiaan. Akan tetapi, rencana tersebut menuai pro dan kontra. Walhasil pemerintah mengatakan akan mengkaji ulang rencana tersebut.
8 Januari 2021
Abu Bakar Ba’asyir resmi menghirup udara bebas dari Lapas Khusus Kelas llA Gunung Sindur, Kabupaten Bogor, Jawa Barat, Jumat, sekitar pukul 05.21 WIB. Ia bebas setelah ditahan 9 tahun 6 bulan. []
