Ada beberapa keuntungan yang bisa didapat dari model pendidikan seperti ini, antara lain:
1. Santri merasa mendapat kepercayaan dari kiainya sehingga tumbuh rasa tangggung jawabnya.
2. Santri mendapat pengalaman secara kongkrit, hal itu penting untuk bekal mereka saat kembali ke masyarakat kelak.
3. Santri mendapat kesempatan berlatih mengaktualisasikan ilmunya secara baik dan maksimal.
10. Prinsip hubungan orang tua dan anak
Dalam pendidikan pesantren, ada kaitan yang erat antara kiai dan santri. Ikatan tersebut lebih bersifat emosional dan akan terus terjalin meski santri telah menyelesaikan pendidikannya.
Sedemikian eratnya, sehingga hubungan antara kiai dan santrinya bukan lagi hubungan guru dan murid, melainkan hubungan orang tua dengan anaknya. Demikian pula hubungan antara sesama santri bukan lagi hubungan pertemanan, melainkan hubungan persaudaraan.
Dengan hubungan yang demikian, maka akan sangat membantu santri dalam menguasai ilmu, karena tumbuh rasa percaya diri dan rasa tentram dalam diri santri.
11. Prinsip kebebasan terpimpin
Seperti prinsip-prinsip di atas, prinsip ini digunakan di pesantren dalam menjalankan kebijaksanaan kependidikannya. Dalam kehidupan sosial, individu juga mengalami keterbatasan-keterbatasan, baik keterbatasan kultural maupun struktural. Namun demikian, manusia juga memiliki kebebasan mengatur dirinya sendiri.
Atas dasar itu pesantren memperlakukan kebebasan dan keterikatan sebagai hal kodrati yang harus diterima dan dimanfaatkan sebagaimana mestinya dalam kegiatan belajar-mengajar.
Hal itu tercermin dari pandangan kiai bahwa kepada anak wajib ditanamkan jiwa agama, yang akan menjadi dasar kepribadiannya, tetapi pada saat menginjak dewasa, anak itu sendirilah yang akan memilih jalan hidupnya, apakah akan ingkar atau beriman dan bertakwa pada Tuhan.
Misalnya: seorang kiai berkeyakinan bahwa kesan pertama yang ditanamkan kepada santri akan mempengaruhi secara mendalam kepribadian selanjutnya.
Untuk itu sebelum mereka memasuki tingkat belajar yang lebih tinggi, kepada mereka diajarkan kitab-kitab awal seperti fiqih, tasawuf, takrib, dan Ta’limul Muta’alim dan sebelum itu santri dibiasakan mengikuti shalat, puasa dan sebagainya.
Contoh lain, kebijaksaan seorang kiai yang menyatakan bahwa” santri yang belajar di pesantren bagaikan orang yang akan berbelanja di pasar. Tergantung apa yang akan dibelinya dan berapa banyaknya.Hal ini tergantung berapa banyak uang yang dibawanya.
Sehubungan dengan itu maka sikap pesantren dalam melaksanakan pendidikan adalah membantu dan mengiring anak didiknya, tetapi pesantren juga berpegang teguh pada tata tertib pesantren, terutama pada hukum agama.
