Pembangunan yang dikerjakan malah menimbulkan disparitas yang tajam antara si kaya dengan si miskin, pembangunan yang timpang antara di Jawa dan luar Jawa, dan diperparah adanya sistem birokrasi yang tidak sehat, seperti praktik korupsi, kolusi dan nepotisme. Pada akhirnya menimbulkan krisis politik yang membuat Suharto harus jatuh dari tampuk kekuasaannya setelah terjadinya pendudukan gedung DPR/MPR oleh pejuang-pejuang reformasi yang memintanya mundur dari kursi kepresidenan
Setelah Suharto jatuh dan lengser ke prabon, Indonesia memasuki masa transisi, dibawah kemudi Presiden BJ Habibie. Pada masa transisi ini Tap MPR No. II/MPR/1998 tentang GBHN kemudian dicabut dan diganti dengan Tap MPR No.X/MPR/1998 tentang Pokok-Pokok Reformasi Pembangunan dalam Rangka Penyelamatan dan Normalisasi Kehidupan Nasional sebagai Haluan Negara.
Pelaksanaan dari Pokok-pokok reformasi pembangunan ini berlangsung dalam jangka pendek, yaitu sampai terselenggaranya Sidang Umum MPR hasil pemilu 1999. Ini berbeda dengan GBHN umumnya yang biasa ditetapkan MPR dilaksanakan dalam jangka waktu panjang.
Pemerintahan Presiden BJ Habibie berlangsung singkat. Banyak hal yang sudah dia kerjakan untuk mengangkat ekonomi Indonesia keluar dari krisis. Seperti kebijakan memperkuat nilai tukar rupiah terhadap dolar. Saat terjadi krisis keuangan tahun 1998, Indonesia mengalami kejatuhan rupiah hingga Rp. 17.000 per dolar AS, namun, dengan langkah-langkah yang tepat dan terukur dari BJ Habibie, rupiah bisa merangkak naik hingga Rp. 6.500 per dolar AS.
Kebijakan BJ Habibie yang lain, yaitu, mengeluarkan paket restrukturasi perbankan untuk membangun kembali perbankan yang sehat, melakukan pemisahan Bank Indonesia (BI) dari pemerintah sehingga BI menjadi lembaga independen dan mendapatkan kepercayaan lagi, pertumbuhan ekonomi membaik menjadi 0,79 persen pada 1999 naik dibandingkan 1998 yang sempat mencapai -13,13 persen, tingkat kemiskinan juga menurun 23,4 persen pada 1999 dibandingkan 1998 yang mencapai 24,2 persen, ketimpangan atau gini rasio pada 1998-1999 sebesar 0,3(Kompas, 11/02/19). Namun, pemerintahannya berakhir tragis karena laporan pertanggungjawaban presiden di tolak dalam sidang umum MPR RI tahun 1999.
Pada masa reformasi dibawah pemerintahan Gus Dur, rumusan GBHN ditetapkan melalui Tap MPR No. IV/MPR/1999 Tentang Garis-Garis Besar Haluan Negara Tahun 1999-2004. Rumusan GBHN dimasa reformasi ini berbeda dengan masa orde baru. Kalau GBHN pada masa orde baru selama ini dikenal sebagai haluan dalam pembangunan nasional. Sedangkan GBHN pada masa reformasi sebagai haluan dalam penyelenggaraan negara yang isinya ingin mewujudkan suatu masyarakat yang demokratis yang selama pemerintahan orde baru tidak pernah ada.
