6 Jam yang Menentukan
Pertempuran memuncak sekitar pukul 11.00, ketika bala bantuan musuh datang dari arah Magelang yang terdiri dari pasukan kavaleri NICA dan komando Gajah Merah. Tepat pukul 12.00 siang, sebagaimana yang telah ditentukan semula, seluruh pasukkan TNI mundur.
Pasukan Indonesia akhirnya mundur setelah selama enam jam menguasai Yogyakarta, dan menuju Tanjungtirto serta Maguwo keesokan harinya.
Meski TNI berhasil menguasai Yogyakarta dalam waktu singkat, Namun, hal ini membawa dampak cukup besar bagi kedaulatan NKRI. Negara-negara bentukan Belanda di Indonesia seperti Negara Indonesia Timur, Negara Jawa Timur, dan lainnya berbalik memihak Indonesia setelah mengetahui keadaan Indonesia yang sebenarnya.
Dewan Keamanan PBB pun mendesak Belanda untuk berunding kembali dengan Indonesia. Amerika Serikat pun turut mengancam akan memberikan sanksi ekonomi terhadap Belanda setelah mengetahui kondisi yang tidak membaik.
Belanda akhirnya setuju berunding kembali dengan Indonesia. Melalui Perjanjian Roem-Royen pada 7 Mei 1949, Belanda menyetujui gencatan senjata, mengembalikan pemimpin Negara Indonesia ke Yogyakarta, serta mengadakan Konferensi Meja Bundar (KMB) dari tanggal 23 Agustus hingga 2 November 1949.
Melalui konferensi yang dilakukan tersebut, kedaulatan Indonesia pun diakui. [rif]