Guntur juga pernah menjabat sebagai Kepala Pusat Pendidikan Pancasila dan Konstitusi MK. Ia juga sempat menjabat sebagai Kepala Pusat Penelitian, Pengkajian Perkara, dan Pengelolaan Teknologi Informasi dan Komunikasi MK.
Guntur Hamzah terpilih sebagai Sekjen MK setelah melalui proses seleksi terbuka, yang diselenggarakan oleh Panitia Seleksi (Pansel) Terbuka Calon Pimpinan Tinggi Madya MK, yang dibentuk berdasarkan Keputusan Ketua Mahkamah Konstitusi Nomor 03 Tahun 2015 tanggal 18 Mei 2015 lalu.
Selain menjabat sebagai Sekjen MK, pada 2021, ia juga didapuk sebagai Ketua Umum Asosiasi Pengajar Hukum Tata Negara/Hukum Administrasi Negara (APHTN-HAN) Indonesia untuk periode 2021-2025 melalui Musyawarah Nasional APHTN-HAN Indonesia VI (3-4 Februari 2021) di Samarinda, Kalimantan Timur. APHTN-HAN merupakan organisasi dosen paling bergengsi di Indonesia saat ini. [rif]
