Meskipun pengobatan untuk penyakit autoimun hanya dirancang untuk mengontrol gejala dan menekan sistem kekebalan tubuh saja, hal ini lebih baik daripada tidak menerima pengobatan sama sekali. Bahkan, jika suatu gangguan autoimun yang tidak diobati, dapat mengakibatkan komplikasi yang lebih serius dan bahkan kematian. Sang pasien akan mengalami risiko yang lebih buruk dari infeksi.