Pada saat Coen kembali dari Banda membawa bala bantuan pada 29 Mei 1916, Coen langsung memimpin seribu pasukan untuk merebut Kota Jayakarta dari kekuasaan Kesultanan Banten.
Setelah berjaya meruntuhkan Jayakarta, Coen lantas memerintahkan pembangunan sebuah benteng baru yang lebih besar dan kuat. Selain itu, ia juga membangun kota kecil untuk tempat bermukim orang-orang Belanda yang telah turut bertempur bersamanya.
Kota itulah yang dikenal sebagai Batavia, kendati Coen sebenarnya ingin memberinya nama Nieuw Hoorn alias Hoorn Baru, mengacu kepada kota kelahirannya di Belanda. Namun, usulan Coen terkait penamaan itu tidak disetujui para petinggi VOC.
Petinggi VOC lebih memilih Batavia, demi menghormati nenek moyang mereka dari suku Jerman (di Belanda) yang bebas dan merdeka, yaitu Batavi, yang menduduki delta sungai Rhine di zaman Romawi.
Tanggal 4 Maret 1621, nama Batavia dikukuhkan. Pemerintah daerahnya pun dibentuk. Sejak saat itu, Batavia resmi menjadi pusat kekuasaan VOC. Pengaruh ekonomi VOC semakin kuat dengan dimilikinya hak monopoli perdagangan. Masa inilah yang menjadi sandaran perluasan kekuasaan Belanda mengendalikan Nusantara hingga berabad-abad lamanya.
Nama Batavia dipakai sampai tahun 1942, ketika Belanda dikalahkan Jepang. Sebagai bagian dari de-Nederlandisasi, nama kota diganti menjadi Jakarta. Bentuk bahasa Melayunya, yaitu “Betawi”, masih tetap dipakai sampai sekarang. []